La transformada de Fourier consiste en una serie de tratamientos matemáticos que algunos equipos de análisis instrumental, como los espectrómetros de infrarrojo o los de resonancia magnética nuclear, tienen incorporado al software de su equipo de cómputo para el tratamiento de los datos obtenidos del análisis de una muestra. En estos equipos, las moléculas o los átomos de la mencionada muestra son irradiados de manera simultánea con todas las radiaciones de un cierto intervalo del espectro electromagnético (por ejemplo, en los equipos de infrarrojo por transformada de Fourier, FTIR, se emiten al mismo tiempo todos los rayos infrarrojos entre los 400 y los 5000 cm-1 de número de onda, que corresponde con el intervalo completo de radiaciones con las que se hace este análisis). La combinación de todas las radiaciones o interferograma incidente es hecha incidir sobre la muestra, la cual absorberá únicamente aquéllas con las cuales ejecuta algún trabajo útil (transiciones electrónicas en el caso de la espectroscopía de ultravioleta, vibraciones en el caso de la espectroscopía de infrarrojo, etc.), de tal manera que de la muestra emergerá la combinación de todas las radiaciones que ingresaron a la muestra menos aquéllas que hayan sido absorbidas, lo que corresponde con el interferograma emergente. Este último está expresado en función del tiempo (dominio del tiempo), y la información que éste posee, carente como tal de utilidad analítica práctica, es analizada y tratada entonces mediante los argumentos matemáticos de la transformada de Fourier en un equipo de cómputo, los cuales devuelven dicha información ahora en función de la frecuencia (dominio de la frecuencia), con lo que se obtiene el espectro de forma clásica, susceptible de ser interpretado. Para entender lo anterior, considérese el caso de un equipo cuya fuente luminosa emite solamente tres únicas radiaciones. La combinación algebraica de éstas tres ondas genera el interferograma que incide con las diferentes muestras (Figura 1). Suponga que se cuenta con tres muestras diferentes, cada una de las cuales absorbe casi en su totalidad una de las tres radiaciones emitidas por la fuente: luego de incidir sobre ellas la combinación de las tres radiaciones, de cada una de las muestras emerge un nuevo interferograma (Figura 2) en el que se encuentra ausente la contribución de la radiación que ha sido absorbida por la muestra. El tratamiento de cada uno de estos tres interferogramas por separado mediante los argumentos de la transformada de Fourier devuelve espectros en los que es posible conocer de inmediato cuál radiación es la que ha sido absorbida en función de su frecuencia (Figura 3) o de su longitud de onda.
En inglés: Fourier transform.